《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅若干政策的通知》(財稅〔2005〕165號)規(guī)定：“一般納稅人注銷時，其存貨不作進項稅額轉(zhuǎn)出處理，其留抵稅額也不予以退稅?！庇捎谠鲋刀愂莾r外稅，增值稅留抵稅額未納入企業(yè)會計損益核算，如果企業(yè)處于正常經(jīng)營狀態(tài)，留抵稅額實際上具有一定的“資產(chǎn)”特征，可以減少其納稅義務(wù)。但根據(jù)財稅〔2005〕165號文件精神，企業(yè)清算時增值稅留抵稅額不能抵稅，只能將其轉(zhuǎn)入存貨的成本。

企業(yè)清算是處置資產(chǎn)、清償債務(wù)、投資者收回資本的過程，增值稅留抵稅額在資產(chǎn)負債表中“應交稅費”科目核算，屬于“應交稅費”的負數(shù)余額。在企業(yè)注銷過程中，增值稅留抵稅額處理主要注意以下幾個問題：

一是企業(yè)清算時存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)發(fā)生非正常損失。

企業(yè)清算時應先進行資產(chǎn)評估、清查，對存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)發(fā)生非正常損失的，應根據(jù)《增值稅暫行條例》第十條的規(guī)定，作進項稅額轉(zhuǎn)出處理，需補繳增值稅，調(diào)減增值稅留抵稅額。

二是企業(yè)清算時仍有存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)。

《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)清算業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009〕60號)規(guī)定，企業(yè)清算時，全部資產(chǎn)均應按可變現(xiàn)價值或交易價格，確認資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失。企業(yè)在向股東分配剩余存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)前，需以銷售、抵頂債務(wù)方式處理存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)時，可以用增值稅銷項稅金抵減留抵稅額，留抵稅額抵頂完畢的，需繳納增值稅;留抵稅金未抵減完畢并將存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)作為剩余財產(chǎn)向股東分配的，其留抵稅金稅務(wù)機關(guān)不再退稅，鑒于留抵稅額屬于“應交稅費”的一項內(nèi)容，應作為“負債清償損益”處理。應將其填入《企業(yè)清算所得稅申報表填報說明》(國稅函〔2009〕388號)附表二《負債清償損益明細表》第9行“應交稅費”中，并以此在清算申報表主表第二行“負債清償損益”中反映。

需要說明的是，盡管《企業(yè)清算所得稅申報表》包括“清算稅金及附加”項目，清算稅金及附加主要指清算環(huán)節(jié)發(fā)生的除企業(yè)所得稅和允許抵扣的增值稅以外的各項稅金及其附加，企業(yè)清算環(huán)節(jié)繳納的增值稅無法在本企業(yè)抵扣，不再將其作為價外稅，允許作為“清算稅金及附加”處理。

三是企業(yè)清算時沒有存貨和已抵扣進項稅金的固定資產(chǎn)，直接將剩余財產(chǎn)向股東分配，稅務(wù)機關(guān)對留抵稅金不再退稅，將其填入《企業(yè)清算所得稅申報表填報說明》(國稅函〔2009〕388號)附表二《負債清償損益明細表》第九行“應交稅費”。

綜上所述，企業(yè)在注銷清算時，應考慮好留抵進項稅額的處理問題，否則可能出現(xiàn)少計“負債清償損益”，多繳清算企業(yè)所得稅的情況，或者被稅務(wù)部門追繳稅款、滯納金以及受到稅務(wù)行政處罰。