(一)農(nóng)業(yè)植物新品種申請保護的品種構(gòu)成不合理農(nóng)業(yè)植物新品種保護的申請及授權(quán)數(shù)量少，品種構(gòu)成也不合理。從申請數(shù)量上看，盡管每年申請的數(shù)量都在不斷增加，但與發(fā)達國家相比仍有較大的差距。從構(gòu)成上來看，品種分布很不均勻，申請植物新品種權(quán)的農(nóng)作物主要是玉米、水稻、小麥等大田作物，占到了申請總量的90%以上，其他農(nóng)產(chǎn)品申請數(shù)量較少，甚至是空白。以遼寧省為例，近幾年來遼寧省每年取得的育種科技成果高達500多項，而其中申請植物新品種保護的還不足15%，已申請品種保護的也主要以玉米、水稻為主，大豆、蔬菜、果樹品種很少。

(二)植物新品種產(chǎn)權(quán)意識薄弱

我國是實行知識產(chǎn)權(quán)制度較晚的國家，植物新品種保護制度作為一項新的知識產(chǎn)權(quán)制度在我國也才剛剛實施四年多的時間，這使得廣大科研單位和科研人員對植物新品種保護的重要作用沒有充分的認(rèn)識，知識產(chǎn)權(quán)意識薄弱，對植物新品種保護的戰(zhàn)略意義缺乏足夠的了解和認(rèn)識，品種權(quán)申請數(shù)量少。全國有400多個育種研究所，7500多個農(nóng)作物種子企業(yè)，而四年多來向國內(nèi)申請的品種權(quán)僅有千件左右，平均8個單位一件，向外國申請的更是寥寥無幾。據(jù)初步統(tǒng)計，植物新品種保護制度實施四年多來，經(jīng)省級以上品種審定委員會審定通過的主要農(nóng)作物新品種約5000個，而提出農(nóng)業(yè)植物新品種權(quán)申請的新品種數(shù)量不足1000件。

(三)維權(quán)困難，地方保護主義嚴(yán)重

農(nóng)作物種植和種子生產(chǎn)經(jīng)營活動的季節(jié)性很強，對侵權(quán)案件的取證本身就十分困難，一些地方政府為保護本地利益，直接或間接插手種子行業(yè)，違規(guī)設(shè)置障礙排斥外來企業(yè)和優(yōu)良品種，甚至袒護本地違規(guī)侵權(quán)單位，阻撓執(zhí)法部門查處。

同時，維權(quán)訴訟程序復(fù)雜，品種侵權(quán)案件要有指定的的省級以上法院審理，路途遠，成本高，育種專家沒有時間和精力。而且植物新品種的保護規(guī)定中沒有規(guī)定有關(guān)品種保護的法定賠償金額，使司法部門在執(zhí)法時遇到較大的困難，尤其是碰到既難確定侵權(quán)人的非法獲利又難確認(rèn)被侵權(quán)人的實際損失的情況下，不同地區(qū)的法院在處理基本相同的植物新品種保護的侵權(quán)糾紛時，判決的賠償額可能有著驚人的差異。

(四)審查速度較慢，不適應(yīng)植物新品種保護發(fā)展的需要

目前，新品種保護組織管理體制還沒有完全理順，品種權(quán)初審、實審、復(fù)審、無效等程序尚未有效建立和順利運轉(zhuǎn)，再加上由于資金短缺而造成的品種權(quán)審查測試技術(shù)支撐體系建設(shè)滯后，人員數(shù)量和質(zhì)量不能滿足發(fā)展的需要，便利審查速度難以加快，不利于品種權(quán)申請人合法權(quán)益及時得到有效的保護，反過來影響育種者和育種單位對植物新品種保護申請的積極性。(五)植物新品種保護的覆蓋面應(yīng)當(dāng)進一步擴大

通過自主創(chuàng)新取得與掌握品種權(quán)是保護國家種質(zhì)資源的重要的方式。我國是八大作物起源中心之一，生物遺傳資源非常豐富，隨著我國農(nóng)業(yè)經(jīng)濟對外開放及農(nóng)產(chǎn)品國際貿(mào)易的日益擴大，外國企業(yè)到我國申請品種權(quán)將后迅速增加，特別是一些種業(yè)跨國公司，依靠其先進技術(shù)優(yōu)勢，不但將其某個具有現(xiàn)實及潛在經(jīng)濟價值的植物新品種在該國申請品種權(quán)，還將某些發(fā)展中國家的優(yōu)良品種在這些國家申請并取得屬于他們自己的品種權(quán)。因此，必須擴大植物新品種保護的覆蓋面，使我國的植種質(zhì)資源通過品種保護“留住”，而不是“流失”。

(六)對品種權(quán)作為國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易壁壘的作用及其發(fā)展動向研究不足

植物新品種保護制度還影響了國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易的格局，許多國家尤其是發(fā)達國家出于保障國家經(jīng)濟戰(zhàn)略安全以及保護農(nóng)產(chǎn)品競爭優(yōu)勢的考慮，紛紛采用植物品種保護制度保障自身的優(yōu)質(zhì)品種壟斷，并在全球范圍內(nèi)申請保護，以此來控制國外農(nóng)產(chǎn)品的進口，使得品種權(quán)成為新的國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易壁壘?？梢哉f，在日趨激烈的國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易戰(zhàn)的背后是“種子戰(zhàn)”和“品種戰(zhàn)”。在新的貿(mào)易關(guān)系下，面對中國巨大的市場，國外在中國的植物品種權(quán)申請必將日益增多，因此，我國應(yīng)當(dāng)重視品種權(quán)作為國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易壁壘的重要作用，積極采取措施，最大限度的保護我國品種權(quán)人、企業(yè)與農(nóng)民的利益。

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