在處理主合同與保證合同在訴訟時效的關(guān)系問題上，應(yīng)當(dāng)以主從關(guān)系為原則，以各自獨立為補(bǔ)充：

一、訟時效的中斷問題。主債務(wù)訴訟時效中斷是否導(dǎo)致保證債務(wù)訴訟時效中斷，區(qū)分一般保證和連帶保證的后果是不同的。在一般保證的情況下，由于擔(dān)保法第17條規(guī)定債權(quán)人必須首先向債務(wù)人提起訴訟或者申請仲裁，而不能單獨起訴保證人，債權(quán)人一旦通過上述方式主張權(quán)利，根據(jù)民法通則規(guī)定，主合同的訴訟時效中斷。此時，根據(jù)擔(dān)保法25的規(guī)定，保證期間的作用已經(jīng)消滅，訴訟時效制度開始起作用。如果此時保證債務(wù)的訴訟時效不中斷，經(jīng)過長時間的訴訟或者仲裁后，債權(quán)人對保證人的訴訟時效很可能超過，對債權(quán)人未免不公平。因此，主債務(wù)訴訟時效中斷，保證債務(wù)的訴訟時效亦應(yīng)中斷。而在連帶保證責(zé)任時，情況則有所不同。根據(jù)擔(dān)保法第18條的規(guī)定，在主合同履行期屆滿后，債權(quán)人可以要求債務(wù)人履行，也可以直接要求保證人履行。此時，與一般保證責(zé)任相比，連帶保證責(zé)任具有很大的獨立性，債權(quán)人可以直接向保證人主張權(quán)利。一旦債權(quán)人向保證人主張權(quán)利，則產(chǎn)生兩方面的效力，一是保證期間歸于消滅;二是訴訟時效開始發(fā)揮作用，并開始計算訴訟時效。因此，主債務(wù)的訴訟時效中斷，并不必然導(dǎo)致保證債務(wù)訴訟時效的中斷。

二、訴訟時效的中止問題。根據(jù)民法通則的規(guī)定，訴訟時效的中斷原因，往往是由于當(dāng)事人的行為，即由于當(dāng)事人的行為(如債務(wù)人起訴、提出要求、或者債務(wù)人同意履行義務(wù))而產(chǎn)生。因而，對于訴訟時效的中斷問題，應(yīng)當(dāng)根據(jù)債權(quán)人是否有可能行使權(quán)利，其是否真正行使權(quán)利而有所不同。而訴訟中止，則是因非當(dāng)事人所能控制的客觀原因而產(chǎn)生，如因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權(quán)。因此，無論對于主債務(wù)還是保證債務(wù)均應(yīng)一律對待，主債務(wù)訴訟時效中止，保證債務(wù)的訴訟時效也應(yīng)同時中止。

綜上，為了正確把握保證合同的訴訟時效，作為債權(quán)人和人民法院在實踐中應(yīng)注意以下幾點：1、注意保證期間，保證期間與訴訟時效雖然均是要求債權(quán)人行使自己權(quán)利的期間，但保證期間通常短于訴訟時效，如果債權(quán)人在保證期間內(nèi)沒有行使自己的權(quán)利，則會喪失勝訴權(quán)。2、注意保證合同的訴訟時效，債權(quán)人為了達(dá)到使保證人切實履行保證義務(wù)的目的還必須在訴訟時效內(nèi)起訴保證人。此時應(yīng)注意保證期間的結(jié)束點，即訴訟時效的起算點。就一般保證來說，其訴訟時效的起算點為債權(quán)人向債務(wù)人提起訴訟或者申請仲裁之日;就連帶保證來說，其訴訟時效的起算點為債權(quán)人向保證人提出履行保證責(zé)任之日。3、注意主合同訴訟時效對保證合同訴訟時效的影響，在保證合同訴訟時效的起算點確定之后，決定保證人是否承擔(dān)責(zé)任的關(guān)鍵在于保證合同的訴訟時效是否因主合同的訴訟時效的中止、中斷而發(fā)生變化。