專用發(fā)票丟失，如何抵扣稅款國家稅務總局《關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》(國稅函[2009]617號)規(guī)定，增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票和機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應在開具之日起180日內(nèi)到稅務機關(guān)辦理認證，并在認證通過的次月申報期內(nèi)，向主管稅務機關(guān)申報抵扣進項稅額。未在規(guī)定期限內(nèi)到稅務機關(guān)辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。國稅函[2009]617號文件還規(guī)定，增值稅一般納稅人丟失已開具的增值稅專用發(fā)票，應在第一條規(guī)定的期限內(nèi)，按照國家稅務總局《關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》(國稅發(fā)[2006]156號)第二十八條及相關(guān)規(guī)定辦理。國稅發(fā)[2006]156號文件第二十八條規(guī)定，一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務機關(guān)進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?。如果丟失前未認證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務機關(guān)認證，專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?。如果增值稅專用發(fā)票的開具已經(jīng)超過180天，購買方可以憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務機關(guān)進行認證，但不能抵扣進項稅額。如果銷售方先開具發(fā)票，則根據(jù)《增值稅暫行條例》第十九條的規(guī)定，增值稅納稅義務發(fā)生時間為開具發(fā)票的當天，銷售方應依法申報繳納相應的增值稅。企業(yè)之間的經(jīng)濟糾紛超出稅務部門的管理權(quán)限，可依法向人民法院提起訴訟。