2、行使的有限性。由于制度本身的缺陷，司法權(quán)對行政權(quán)有效監(jiān)控有些先天不足。一是排除司法權(quán)對抽象行政行為的審查。由于具體行政行為的作出總是需要一定的法律或行政規(guī)章依據(jù)，對具體行政行為審查必然涉及到對其依據(jù)進(jìn)行審查。行政機(jī)關(guān)又往往以情況特殊為由，規(guī)避對其抽象行政行為的審查，行政法官在此種情形下往往會回避矛盾，使得可能引發(fā)大面積行政違法的抽象行政行為，不能得到有效的司法審查。二是審查原則限于機(jī)械的“合法性”審查，而排斥合乎法律目的、精神、原則的審查——即廣義的“合法性”審查。

目前我國行政立法不夠完善，行政機(jī)關(guān)仍然有著相當(dāng)大的自由裁量權(quán)。在行政訴訟中，往往檢視行政行為合不合乎法律條文。這種機(jī)械的“合法性”審查原則，會造成兩種結(jié)果：一種是因?yàn)闆]有明確的法律條文，大量的行政行為無論正確與否均“無法可依”，法院無從對其進(jìn)行審查，對引起的行政訴訟也只能裁定“不予受理”或“駁回起訴”。另一種是行政機(jī)關(guān)在其自由裁量范圍內(nèi)所作出的行政行為，確實(shí)對行政相對人的合法權(quán)益造成損害的，雖沒有明確的法律條文可依，但明顯不符合法律目的、原則和精神的，也只能限于機(jī)械的“合法性”審查，視為“合法”的行政行為得以維持，而對行政相對人的合法權(quán)益造成損害也只能聽之任之、愛莫能助了。

3、難求的平衡性。司法權(quán)的運(yùn)用，作為一種爭端解決機(jī)制，具有“定紛止?fàn)帯钡墓δ?，同時(shí)也是紛爭中權(quán)利受到侵害的一方尋求司法救濟(jì)和司法保護(hù)的一種重要途徑，因此司法權(quán)還具有救濟(jì)和保護(hù)的功能。如果說行政機(jī)構(gòu)只是特定國家利益或利益的代表的話，那么法院要在各種社會利益(尤其是發(fā)生沖突的利益)之間保持相對的中立，并側(cè)重從為受到非法侵害的權(quán)利提供救濟(jì)方面，對上述利益進(jìn)行協(xié)調(diào)。行政訴訟中司法權(quán)運(yùn)用時(shí)所面對的，一方面是強(qiáng)大的行政機(jī)關(guān)，一方面是勢單力薄的行政相對人。在裁決具體的行政紛爭中，法院往往處于兩難境地。行政訴訟中司法權(quán)的運(yùn)行，既要維護(hù)公民的正當(dāng)權(quán)益、推進(jìn)依法行政，又要維護(hù)正常的行政秩序、保障行政機(jī)關(guān)的依法行政;既要有效地監(jiān)督行政機(jī)關(guān)的行政行為，又要扎實(shí)地配合行政機(jī)關(guān)經(jīng)濟(jì)和社會管理的工作大局。如果司法權(quán)運(yùn)用稍有不慎，就會引致人民群眾的不滿，也可能引起行政機(jī)關(guān)的不滿。因而面對這種特殊的當(dāng)事人就難以求得平衡性。特別在當(dāng)前社會變革、社會矛盾凸顯的情況下，行政機(jī)關(guān)面對許多新矛盾、新問題，司法機(jī)關(guān)也必然會遇到一系列行政訴訟難題，因而其運(yùn)行的難度會愈益加大。