行政許可案件的重作判決與履行判決有相似之處，其內(nèi)容均是法院要求行政機關(guān)在一定期限履行其法定職責，但它們的區(qū)別也是明顯的。

第一，重作判決是附帶判決，通常從屬于撤銷判決。而履行判決是獨立判決。

第二，判決的內(nèi)容不同。重作判決是針對被告已經(jīng)實施的違法許可行為作出的，其內(nèi)容是要求行政機關(guān)重新實施許可行為;而履行判決針對拖延履行職責或?qū)ι暾埐挥璐饛偷男袨樽鞒龅?，其?nèi)容是要求行政機關(guān)履行其法定職責。

由于拒絕許可行為與拖延履行法定職責對申請不予答復的行為均是行政訴訟法規(guī)定法院受理的行政行為，而且二類行為被規(guī)定于同一條文之中，理論界普遍認為這兩類案件屬于不履行法定職責案件，法院的判決形式也應當是履行判決。

事實上，拒絕行為是作為行為，不予答復的行為才是不作為行為。履行判決應當僅限于不作為行為，即只能要求拖延履行職責對申請不予答復的行政機關(guān)在一定期限內(nèi)履行其職責，履行職責的結(jié)果可能是給予許可或拒絕許可。對于拒絕許可的行為，適用履行判決是不恰當?shù)摹Ｒ驗樵S可機關(guān)此時已經(jīng)履行了其職責，只是履行的方式為拒絕。所以對此類拒絕行為，應當在審查的基礎(chǔ)上，首先判決維持或撤銷，然后根據(jù)行政機關(guān)在此類許可中享有自由裁量權(quán)的大小，判決被告重新作出什么樣的具體行政行為。如前所述，當行政許可機關(guān)自由裁量權(quán)縮減為零時，法院就應當判決被告在一定期限內(nèi)作出許可的行政行為，如果行政機關(guān)還享有某種自由裁量權(quán)，法院可以在確認許可申請人符合哪些實質(zhì)要件的基礎(chǔ)上，判令被告重新作出許可行為。

當然，在許可案件中，重作判決的前提是："如果違法的具體行政行為被撤銷后，行政機關(guān)行使職權(quán)的問題并沒有得到解決，而行政機關(guān)又有可能重新作出具體行政行為時，才有必要判決其重新作出具體行政行為。人民法院判決責令被告重新作出具體行政行為，應當在判決書中作出時間限制，行政機關(guān)應當在判決書規(guī)定時限內(nèi)重新作出具體行政行為。"此外，法院根據(jù)審查的結(jié)果，還應明確撤銷判決的理由和重新作出行政行為的原則要求，防止行政機關(guān)在重新作出具體行政行為時的規(guī)避行為。