刑事訴訟是處于平等對抗地位、有糾紛的雙方向處于中立地位的裁判方告訴其糾紛，并請求裁判方解決其糾紛的活動。

(一)具體分類中不適合由法院受理的案件。

自訴案件因為當(dāng)事人缺乏收集證據(jù)的能力，因此我國幾乎所有的自訴案件由法院受理都存在問題。

1、告訴才處理的犯罪。

侵占罪。侵占罪不宜作為自訴案件理由是明顯的。

調(diào)查取證困難。侵占罪清潔簡單并且隱蔽性強，不經(jīng)公安機關(guān)偵查難以取證，受害人同樣難以承擔(dān)取證責(zé)任，在侵占人拒不承認侵占事實的情況下，被害人往往無能為力。現(xiàn)實中被害人往往在侵占事實發(fā)生后向景-方報案，而由于管轄原因，公安機關(guān)處理此類案件無法可依。同時，侵占罪侵害的對象是不特定第三人，或者國家集體的時候，把侵占罪列為自訴罪名，難以保護國家利益，因為現(xiàn)實中沒有人具有自訴資格。

2、人民檢察院沒有提起公訴，被害人有證據(jù)證明的輕微的刑事案件。

其中，重婚罪無論在何種情況下都不適合作為自訴案件處理。重婚罪破壞了婚姻法基本原則，社會危害性極大，不適用自訴處理。本規(guī)定其他罪名的自訴同樣存在被害人難以舉證的困難。

3、被害人有證據(jù)證明對被告人侵犯自己人身財產(chǎn)權(quán)利的行為應(yīng)當(dāng)依法追究刑事責(zé)任，而公安機關(guān)或者人民檢察院不予追究被告人刑事責(zé)任的案件。

此類案件不應(yīng)屬于自訴案件，原因是此類案件一般性質(zhì)嚴重、情節(jié)復(fù)雜，偵查取證有一定難度，在經(jīng)過追訴機關(guān)偵查或者審查起訴后尚未獲得確實充分的證據(jù)，憑借被害人個人力量取證的難度可想而知。

(二)、三機關(guān)包括公安機關(guān)與法院、法院與檢察院、公安機關(guān)與檢察院之間案件的管轄問題上因為分工不明確和案件的復(fù)雜性而存在難以協(xié)調(diào)的矛盾。

雖然六部委規(guī)定第1條第6項規(guī)定：公安機關(guān)偵查刑事案件涉及人民檢察院管轄的貪污賄賂案件時，應(yīng)當(dāng)將貪污賄賂案件移送人民檢察院;人民檢察院偵查貪污賄賂案件涉及公安機關(guān)管轄的刑事案件，應(yīng)當(dāng)將屬于公安機關(guān)管轄的刑事案件移送公安機關(guān)。如果涉嫌主罪屬于公安機關(guān)管轄，由公安機關(guān)為主偵查，人民檢察院予以配合;如果涉嫌主罪屬于人民檢察院管轄，由人民檢察院為主偵查，公安機關(guān)予以配合。但是在現(xiàn)實中多家偵查機關(guān)共同偵查刑事案件以及因為經(jīng)濟利益等原因，經(jīng)常造成職能管轄錯誤。