制度的實施必然存在障礙，普遍管轄原則在實施過程中也不例外。一方面，由于立法體系、法律傳統(tǒng)的差異導(dǎo)致各國刑事制度的不同，我國在國際犯罪的確認(rèn)、刑事管轄權(quán)的確定、引渡制度的確立、外國法院判決的承認(rèn)和執(zhí)行、國際刑事司法協(xié)助等方面均與國際法規(guī)存在差異;另一方面，適用普遍管轄原則雖然確定了刑事管轄權(quán)，但在罪行的起訴和審理上必須取得相關(guān)國家的合作才能有效打擊和預(yù)防國際犯罪。立法與司法雙重障礙導(dǎo)致普遍管轄原則在實踐的過程中困難重重。

(1)管轄沖突。

嚴(yán)格按照普遍管轄原則，各國都享有對國際罪行的刑事管轄權(quán)。如果各國均主張對同一國際罪行的刑事管轄權(quán)，應(yīng)如何確定管轄權(quán)?雖然國際公約規(guī)定當(dāng)有關(guān)國家之間不能以談判方式解決時，其中任何一方可以交付仲裁或者提交國際法院裁決，但有些國家在加入國際條約時對這些條款加以保留，因此必然會形成刑事管轄爭端。這種刑事管轄爭端往往導(dǎo)致對國際罪行的懲處久拖不決的現(xiàn)象。作為一種獨具特色的管轄體系，普遍管轄原則能夠克服世界各國基于國家主權(quán)與國際罪行作斗爭的漏洞，但在這種特殊的管轄體系內(nèi)，是存在優(yōu)先次序還是并行管轄、不分先后，國際刑事法規(guī)未對此作出規(guī)定。有學(xué)者研究了普遍管轄權(quán)、屬人管轄權(quán)、屬地管轄權(quán)與保護(hù)管轄權(quán)的沖突，從權(quán)力優(yōu)先的角度分析，認(rèn)為解決沖突的是應(yīng)當(dāng)優(yōu)先適用屬地管轄權(quán)、屬人管轄權(quán)和保護(hù)管轄權(quán);同時又認(rèn)為，僅從普遍管轄本身出發(fā)，考慮到便利訴訟原則，對國際罪行享有管轄權(quán)的數(shù)方可以參照犯罪地國，犯罪人國、受害國、實際控制地國的依次順序決定管轄權(quán)的實際歸屬。

單位犯罪的立案管轄，是指對公司、企業(yè)、事業(yè)單位、機(jī)關(guān)、團(tuán)體實施的危害社會、法律規(guī)定應(yīng)負(fù)刑事責(zé)任的行為，應(yīng)有哪個司法機(jī)關(guān)立案追訴、劃分這種立案管轄，應(yīng)根據(jù)以下原則：

1、要根據(jù)犯罪嫌疑單位所涉嫌的罪名。

根據(jù)刑事訴訟法的規(guī)定，由相應(yīng)的司法機(jī)關(guān)受理。

2、對犯罪嫌疑單位的立案管轄權(quán)應(yīng)與對其直接負(fù)責(zé)的主管人員或其他直接責(zé)任人員的立案管轄權(quán)相一致并同案追訴。

3、劃分級別管轄

根據(jù)單位直接負(fù)責(zé)的主管人員或其他直接責(zé)任人員，因?qū)嵤﹩挝环缸锒蛔肪啃淌仑?zé)任的管制相一致，也就是說如果單位直接負(fù)責(zé)的主管人員或其他直接責(zé)任人員，在實施單位犯罪依法應(yīng)被判處無期徒刑以上的刑罰時，應(yīng)有中級人民法院審判，那么對單位犯罪的追究也應(yīng)由相對應(yīng)的司法機(jī)關(guān)進(jìn)行偵查和起訴。

4、在地區(qū)管轄上。

實行犯罪地管轄的原則，只有當(dāng)犯罪地人民法院認(rèn)為單位注冊地人民法院管轄更為合適時，才可以移交注冊地人民法院管轄。