(一)代開運輸發(fā)票抵扣問題。

新規(guī)定不僅規(guī)定了運輸單位提供貨物運輸勞務(wù)自行開具的運輸發(fā)票允許抵扣，同時明確運輸單位主管地方稅務(wù)局及省級地方稅務(wù)局批準的中介機構(gòu)，為運輸單位和個人代開的運輸發(fā)票，可以進行增值稅抵扣，比現(xiàn)行規(guī)定國營、非國有承運單位的范圍要寬，解決了執(zhí)行中其他單位代開具運輸發(fā)票是否可以申報抵扣的問題。

(二)貨運發(fā)票票面要求。

增值稅一般納稅人2003年11月1日起取得的貨物運輸發(fā)票，票面項目必須填寫齊全，特別明確要填有購貨方的名稱和購貨方納稅人識別號，否則視作不規(guī)范發(fā)票。這源自《貨物運輸業(yè)營業(yè)稅征收管理試行辦法》中運輸發(fā)票填寫要求規(guī)定，自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實填開貨物運輸發(fā)票，凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸發(fā)票，必須填寫該納稅人的名稱和納稅人識別號，它是運輸發(fā)票人工采集、網(wǎng)絡(luò)傳輸、電腦比對的重要要素。

(三)人工采集《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》信息及報送。

納稅人取得需要計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發(fā)票，必須逐票填寫《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》，同時采用國家稅務(wù)總局統(tǒng)一開發(fā)并免費提供使用的“貨物運輸發(fā)票信息采集軟件(一般納稅人版)【納稅人可從國家稅務(wù)總局網(wǎng)站】

(四)“自開票之日起90天”的抵扣時間。

納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運輸發(fā)票，從自開票之日起90天內(nèi)向主管國家稅務(wù)局申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。該“90天”指公歷日期90天(3個月時間)，與增值稅防偽稅控專用發(fā)票認證時間相同。納稅人取得的2003年10月31日以前開具的運輸發(fā)票，必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再抵扣。在辦理申報抵扣時，必須報送《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》。由此可見，運輸發(fā)票增值稅抵扣允許在一定時間內(nèi)采用先抵扣后比對，不再執(zhí)行工業(yè)生產(chǎn)企業(yè)購進貨物是否已入庫，商業(yè)企業(yè)是否已付款的規(guī)定。

(五)《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》與納稅申報資料的相關(guān)關(guān)系。

填寫或?qū)徍藭r要注意《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》中的“合計”欄“允許計算抵扣的運費金額、計算抵扣的進項稅額”項數(shù)據(jù)必須與《增值稅納稅申報表附列資料(表二)》中第8欄“7%扣除率”的“金額、稅額”項數(shù)據(jù)保持一致。

(六)法律責任。

從2003年12月1日起，國家稅務(wù)局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對。比對不符的，一律不予抵扣。對比對異常情況由稽查部門進行稽查，經(jīng)查實確有問題的，由主管稅務(wù)局追回已抵扣稅款，并按《中華人民共和國稅收征收管理法》等有關(guān)規(guī)定進行處罰。

(七)統(tǒng)一規(guī)范的運輸發(fā)票樣式和內(nèi)容。

這次《貨物運輸業(yè)營業(yè)稅征收管理試行辦法》規(guī)定了貨物公路、內(nèi)河運輸發(fā)票在全國范圍統(tǒng)一樣式和內(nèi)容，規(guī)定貨物公路、內(nèi)河運輸企業(yè)必須使用全國統(tǒng)一的運輸發(fā)票(具體啟用時間待定)，并規(guī)定了鐵路運輸、航空運輸、海洋運輸?shù)呢浳镞\輸業(yè)發(fā)票的格式和內(nèi)容。也即是說，增值稅一般納稅人即將取得全國規(guī)范的運輸發(fā)票，長期以來各地貨物運輸業(yè)發(fā)票存在的名稱、格式、項目五花八門，運輸費用與其他雜費難于劃分的問題將有望得到解決。

(八)新規(guī)定適用于提供公路、內(nèi)河運輸勞務(wù)的運輸單位自行開具的運輸發(fā)票、運輸單位主管地方稅務(wù)局及省級地方稅務(wù)局委托的代開發(fā)票。

中介機構(gòu)為運輸單位和個人代開的運輸發(fā)票計算申報抵扣進項稅額，增值稅一般納稅人購進貨物取得的防偽稅控專用發(fā)票票面列有運輸費用的，按照防偽稅控增值稅專用發(fā)票抵扣有關(guān)規(guī)定辦理。