原因：這種情況一般是因?yàn)榘l(fā)票管理不善或安全措施不力，造成發(fā)票丟失或被盜而造成。

處理：購(gòu)票單位應(yīng)于事發(fā)當(dāng)日書(shū)面報(bào)告國(guó)稅機(jī)關(guān)，報(bào)告材料要寫(xiě)明專用發(fā)票份數(shù)、字軌號(hào)碼、蓋章與否等情況，并通過(guò)國(guó)稅機(jī)關(guān)在《中國(guó)稅務(wù)報(bào)上》刊登“遺失申明”。使用防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)票的一般納稅人，還應(yīng)持IC卡到國(guó)稅機(jī)關(guān)辦理電子發(fā)票退回手續(xù)。

處罰：此種情況可能會(huì)受到稅務(wù)機(jī)關(guān)的處罰。

預(yù)防：購(gòu)票單位應(yīng)完善發(fā)票管理制度，加強(qiáng)發(fā)票管理，同時(shí)采取必要的安全措施，保證發(fā)票安全;稅務(wù)機(jī)關(guān)在出現(xiàn)這種情況后，也會(huì)加強(qiáng)對(duì)購(gòu)票單位發(fā)票管理的監(jiān)督。

2、發(fā)票開(kāi)出后才丟失的處理

(1)發(fā)票開(kāi)出未認(rèn)證

①丟失發(fā)票聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)(正常)認(rèn)證，將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，并用專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳?。開(kāi)票方和稅局無(wú)需特殊處理。

②丟失抵扣聯(lián)的處理：可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證，將專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳?。無(wú)需開(kāi)票單位作任何處理，稅局在認(rèn)證時(shí)以發(fā)票聯(lián)作為抵扣認(rèn)證依據(jù)。

③丟失發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理：購(gòu)買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行認(rèn)證，認(rèn)證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購(gòu)買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。開(kāi)票方需要復(fù)印發(fā)票復(fù)印件，并由開(kāi)票方稅局開(kāi)具《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》;再由收票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，才可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。

④丟失記賬聯(lián)的處理：(此情況條文中未作明確，此處為個(gè)人作法)如果發(fā)票開(kāi)出后尚未寄出，可(開(kāi)票單位)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復(fù)印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無(wú)需稅局和收票單位作任何處理。

⑤丟失全聯(lián)次處理：(此情況條文中未作明確，此處為個(gè)人作法)結(jié)合③和④的處理方式合并進(jìn)行處理。

(2)發(fā)票開(kāi)出已認(rèn)證

①丟失發(fā)票聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)作記賬憑證，使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椋渌麩o(wú)需作單獨(dú)處理。

②丟失抵扣聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳?，其他無(wú)需作單獨(dú)處理。

③丟失發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理：開(kāi)票方需要復(fù)印發(fā)票復(fù)印件，并由開(kāi)票方稅局開(kāi)具《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》;再由收票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，才可作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證。

④丟失記賬聯(lián)的處理：(此情況條文中未作明確，此處為個(gè)人作法)如果發(fā)票開(kāi)出后尚未寄出，可(開(kāi)票單位)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復(fù)印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無(wú)需稅局和收票單位作任何處理。

⑤丟失全聯(lián)次處理：(此情況條文中未作明確，此處為個(gè)人作法)結(jié)合③和④的處理方式合并進(jìn)行處理。

處罰：無(wú)處罰。

預(yù)防：開(kāi)票方和收票方-應(yīng)完善發(fā)票管理和保管傳遞制度，保證發(fā)票在各個(gè)范圍內(nèi)不遺失;選擇適當(dāng)?shù)陌l(fā)票傳遞方式，如專門送達(dá)或其他安全的郵遞方式進(jìn)行傳送，并及時(shí)跟蹤，保證發(fā)票在傳遞過(guò)程中的安全。