第一，個人獨資企業(yè)必須有固定的生產(chǎn)經(jīng)營場所和企業(yè)的法定名稱。個體工商戶不得有店名，也可以無固定生產(chǎn)經(jīng)營場所的浮動經(jīng)營。也就是說，合法的企業(yè)名稱和固定的生產(chǎn)經(jīng)營場所是設(shè)立個人獨資企業(yè)的要素，而不是個體工商戶的要素

第二，個體工商戶的投資者和經(jīng)營者是同一人，他們必須是投資建立個人企業(yè)的自然人。個人獨資企業(yè)的投資者和經(jīng)營者可以是不同的人。投資者可以委托或者聘請他人管理個人獨資企業(yè)的事務(wù)。也就是說，個人獨資企業(yè)的所有權(quán)和經(jīng)營權(quán)可以分離，這就決定了個人獨資企業(yè)更符合現(xiàn)代企業(yè)制度的特點。但是，個體工商戶的所有權(quán)和經(jīng)營權(quán)都集中在投資者身上，不能適應(yīng)現(xiàn)代企業(yè)制度發(fā)展的要求，只能適用于小型經(jīng)營主體，個人獨資企業(yè)可以設(shè)立分公司，也可以指定他人擔(dān)任分公司的負(fù)責(zé)人。這一規(guī)定表明，個人獨資企業(yè)不僅可以在登記機關(guān)管轄范圍內(nèi)設(shè)立分支機構(gòu)，還可以在其他地方設(shè)立分支機構(gòu)，設(shè)立分支機構(gòu)的個人獨資企業(yè)應(yīng)當(dāng)承擔(dān)責(zé)任。個體工商戶不得按規(guī)定設(shè)立分支機構(gòu)。另一方面，雖然個體工商戶可以異地經(jīng)營，但隨著近年來外來人員登記手續(xù)的簡化，對異地經(jīng)營個體工商戶的監(jiān)管逐漸弱化。由此可見，個人獨資企業(yè)的總體規(guī)模普遍大于個體工商戶

第四，個人獨資企業(yè)的法律地位不同于個體工商戶。在民事、行政和經(jīng)濟法律體系中，個人獨資企業(yè)是以自己名義進行法律活動的其他組織或其他經(jīng)濟組織的一種形式。個體工商戶是否可以作為其他組織或者其他經(jīng)濟組織的一種形式，一直是我國民法學(xué)者爭論的焦點。在日常法律活動中，個體工商戶的法律行為能力往往受到限制。更多的時候，個體工商戶以公民個人的名義進行法律活動。事實上，國內(nèi)不少法律專家都提出，個體工商戶不是法律意義上的企業(yè)。另外，個人獨資企業(yè)和個體工商戶參與市場經(jīng)濟其他活動的能力是不同的。例如，個人獨資企業(yè)可以成為公司股東，以企業(yè)名義享有公司股東的權(quán)利和義務(wù)，而個體工商戶不能以企業(yè)名義成為公司股東，它只能作為個人投資者（自然人）成為公司股東。

第五，個人獨資企業(yè)和個體工商戶對財務(wù)制度和稅收政策的要求不同。其實，這也是投資者比較關(guān)心的問題。根據(jù)《中華人民共和國個人獨資企業(yè)法》，個人獨資企業(yè)必須建立財務(wù)會計制度。值得一提的是，個人獨資企業(yè)的財務(wù)制度是個人獨資企業(yè)的必要條件，任何部門的要求都不會改變。由于個體工商戶的情況比較復(fù)雜，對于是否建立會計制度存在諸多爭議，新《會計法》只作了原則性的規(guī)定。根據(jù)執(zhí)法情況，個體工商戶可按稅務(wù)機關(guān)要求設(shè)置賬簿。稅務(wù)機關(guān)不提出要求的，不得進行會計核算。另外，在稅收政策方面，由于我國稅收法律制度是一個相對獨立的體系，與市場主體法律制度沒有統(tǒng)一的聯(lián)系。稅務(wù)機關(guān)對普通納稅人和小規(guī)模納稅人的認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)，并不是基于企業(yè)不同的市場支配地位。一般來說，個體工商戶難以認(rèn)定為一般納稅人，而符合條件的個人獨資企業(yè)可以認(rèn)定為一般納稅人。如何將市場主體立法與稅收立法相結(jié)合，是今后完善社會主義市場經(jīng)濟法律體系值得探討的問題