建設(shè)工程的發(fā)包人為了融通資金，常常將尚未建造或正在建造的建筑物抵押給銀行，以獲取銀行貸款，這就是在建工程抵押。工程款的優(yōu)先受償優(yōu)先與抵押貸款所發(fā)生的抵押權(quán)，正是這一新的法律制度對(duì)銀行資金運(yùn)作產(chǎn)生的最大的沖擊，一旦發(fā)包人不能及時(shí)還貸，銀行主張實(shí)現(xiàn)抵押權(quán)時(shí)，發(fā)包人同時(shí)還拖欠承包人的建設(shè)工程款，這時(shí)銀行的抵押權(quán)與建設(shè)工程款優(yōu)先受償權(quán)并存，發(fā)生沖突。

首先，在建工程抵押權(quán)和建設(shè)工程款優(yōu)先受償權(quán)的客體是同一客體。前文已經(jīng)述及，在建工程抵押權(quán)是房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)為獲得銀行的貸款以正在建設(shè)的工程及所附著的土地使用權(quán)為擔(dān)保物，銀行所享有的一種權(quán)利，該權(quán)利的標(biāo)的物是正在建設(shè)的工程項(xiàng)目。建設(shè)工程款優(yōu)先受償權(quán)的客體也是該工程，在發(fā)包人到期不能償還承包人的工程款時(shí)，承包人可以通過(guò)協(xié)商，向法院申請(qǐng)拍賣(mài)該工程等形式獲得工程款。其次，在建工程抵押權(quán)與建設(shè)工程款優(yōu)先受償權(quán)保護(hù)的主體不同，這就導(dǎo)致了主體利益的沖突。在建工程抵押權(quán)保護(hù)的主體是貸款人的利益，是貸款人的經(jīng)營(yíng)權(quán);建設(shè)工程款優(yōu)先受償權(quán)保護(hù)的主體是承包人及其工人的生存權(quán)。在同一標(biāo)的物上存在著經(jīng)營(yíng)權(quán)和生存權(quán)兩種不同性質(zhì)的權(quán)利，而這兩種權(quán)利在在建工程抵押和建設(shè)工程款優(yōu)先受償之間又不能共生，這就產(chǎn)生了經(jīng)營(yíng)權(quán)和生存權(quán)的沖突。

再次，兩種權(quán)利行使的時(shí)間上的不一致性。在建工程抵押權(quán)作為一般的抵押權(quán)，當(dāng)債務(wù)人不按合同的約定履行義務(wù)時(shí)，債權(quán)人就可以行使該權(quán)利，在行使的時(shí)間要求上，沒(méi)有過(guò)多的限制，只要債務(wù)人不履行義務(wù)，債權(quán)人就可以隨時(shí)將該在建工程通過(guò)折價(jià)、拍賣(mài)等方式變價(jià)。承包人主張優(yōu)先權(quán)的時(shí)間必須滿(mǎn)足以下條件：一是發(fā)包人未按約定支付價(jià)款;二是承包人催告發(fā)包人在合理期限內(nèi)支付價(jià)款;三是發(fā)包人逾期未支付價(jià)款。發(fā)包人不支付價(jià)款的，承包人不能立即將該工程折價(jià)、拍賣(mài)，而是應(yīng)當(dāng)催告發(fā)包人在合理的期限內(nèi)支付價(jià)款。如果逾期不支付才能將該工程折價(jià)、拍賣(mài)。如果在建工程抵押權(quán)人在債務(wù)人不履行義務(wù)時(shí)就行使了抵押權(quán)，將在建工程處分了，那么承包人的建設(shè)工程款優(yōu)先受償權(quán)就有可能因權(quán)利所指向的標(biāo)的消滅而無(wú)法行使。

由于工程價(jià)款優(yōu)先受償權(quán)制度的建立和正式實(shí)施，使銀行的在建工程抵押權(quán)就位列次席，只有當(dāng)債務(wù)人優(yōu)先清償承包人的工程價(jià)款后，才能優(yōu)先于一般債權(quán)等到清償，這就給抵押權(quán)人特別是銀行帶來(lái)巨大的風(fēng)險(xiǎn)，這也是人民法院需要平衡銀行和承包人之間的利益沖突的一個(gè)困境。