1、建立刑事管轄權(quán)異議對保護(hù)被害人的意義。在刑事訴訟中，如果犯罪嫌疑人、被告人(以下簡稱二者)的犯罪行為是真實的，那么此時被害人的權(quán)利比二者更應(yīng)該受到保護(hù)。如果司法機(jī)關(guān)的錯誤的管轄權(quán)有可能導(dǎo)致二者獲得不正當(dāng)?shù)睦?，被害人?yīng)該提出管轄權(quán)異議，以維護(hù)法律的正確實施和自己的合法權(quán)益。例如，被告人搶劫了被害人的巨額財產(chǎn)并導(dǎo)致被害人重傷，在此情況下，應(yīng)由中級法院進(jìn)行管轄。假如此時基層法院進(jìn)行了管轄，則可能使被告人獲得比較低的量刑，那么對被害人來說是極為不公平的，被害人在這種情況下完全可以提出管轄權(quán)異議。

2、建立刑事管轄權(quán)異議對保護(hù)二者的意義。二者無論在自訴案件中或公訴案件中均處于被追訴的地位,尤其在公訴案件中,二者的防御能力與司法機(jī)關(guān)的追訴力量相比較常常處于劣勢。因此在刑事訴訟中應(yīng)當(dāng)保護(hù)二者的人權(quán)。建立刑事管轄權(quán)異議對保護(hù)二者的意義在于：

(1)可以使二者獲得公平審判。在刑事訴訟中，獲得公平審判的權(quán)利是二者等所享有的一項重要的憲法性權(quán)利，也是正當(dāng)法律程序的必然要求。例如，賦予被告人刑事管轄權(quán)異議權(quán)，可以避免因級別管轄錯誤以及地域差異而導(dǎo)致的對被告人的不利后果。

(2)提出刑事管轄權(quán)異議是二者行使辯護(hù)權(quán)的重要方式之一。二者可以對司法機(jī)關(guān)的管轄權(quán)提出異議,否認(rèn)司法機(jī)關(guān)錯誤或不當(dāng)?shù)墓茌牂?quán),使司法機(jī)關(guān)對其的追訴失去法律效力,排除司法機(jī)關(guān)行使錯誤或不當(dāng)?shù)淖吩V的實際危害和潛在危險，使二者獲得正確的審判，以保證刑事訴訟程序正義、結(jié)果公正。

(3)建立刑事管轄權(quán)異議是二者訴訟主體身份強(qiáng)化的體現(xiàn)之一。目前刑事訴訟中，將二者作為訴訟客體的傳統(tǒng)觀念根深蒂固,漠視甚至侵犯二者合法權(quán)益的現(xiàn)象大量存在。其中在刑事管轄方面,二者的訴訟主體地位也得不到應(yīng)有的體現(xiàn),正如學(xué)者所言,“對于案件的管轄問題,被告人即使在管轄發(fā)生爭議時也不能自行選擇他所信任的法院,而只能完全聽任有關(guān)法院的指定。這種為人們所司空見慣的訴訟現(xiàn)象,其背后所表現(xiàn)出來的就是被告人訴訟主體性的弱化或虛無。”既然刑事訴訟法確立了二者的訴訟主體身份,那么就應(yīng)該允許二者對司法機(jī)關(guān)的追訴和裁判進(jìn)行直接、有效的對抗,允許二者行使刑事管轄異議權(quán)，使二者在涉及個人基本權(quán)益的訴訟事項上積極主動地行使選擇權(quán)和決定權(quán)，體現(xiàn)并強(qiáng)化二者訴訟主體地位。