首先，內(nèi)涵不同。撤回起訴決定，內(nèi)涵單一，是公訴部門要求審判機關(guān)終止本次審判程序的請求性決定。而不起訴決定，則包含的內(nèi)容相對較多，具體有三種情形:即不構(gòu)成犯罪的絕對不起訴;犯罪情節(jié)輕微，危害不大，依照刑法規(guī)定不需要判處刑罰或免除刑罰的相對不起訴;以及因事實不清、證據(jù)不足的存疑不起訴。

其次，適用的對象不同。撤回起訴決定適用的對象是且只能是受理起訴后行使審判權(quán)的同級人民法院;不起訴決定適用的對象，是且只能是作為案件當事人之一的犯罪嫌疑人。

第三，適用的原因不同。撤回起訴決定的適用，是基于案件事實或證據(jù)發(fā)生變化，導致通過本次起訴啟動的審判程序不能正常進行，為了保證起訴活動的適法性，需要對起訴活動本身及時進行彌補或糾正的情形;而不起訴決定的適用，則是基于案件在審查起訴過程中，現(xiàn)有的事實和證據(jù)，均不符合起訴條件的情形。

第四，法律后果不同。撤回起訴決定一經(jīng)生效以后，對于案件的實體處理，處于待定狀態(tài)中，具有不確定性:既可能是一種階段性中止———待進一步查明事實或補充新的證據(jù)后再行起訴，也可能是一種直接的終止———沒有新的事實或證據(jù)而不再起訴;而不起訴決定一經(jīng)生效后，則是一種明確的狀態(tài)，即訴訟程序終結(jié)。

最后，司法救濟手段不同。撤回起訴決定一經(jīng)生效，對于案件中的當事人來說，并無法律上的實質(zhì)意義，因而也不存在司法救濟的問題;而不起訴決定一經(jīng)生效，可能引起被害人、偵查機關(guān)、犯罪嫌疑人是否認可的爭議，因而具有法律上的實質(zhì)意義，需要司法救濟手段對各訴訟參與人的權(quán)利進行充分保障。尤其對于相對不起訴中的被不起訴人來說，當事人對于這種認定自己有罪前提下的不起訴決定，存在服與不服的選擇權(quán)。所以刑事訴訟法在規(guī)定了三種不起訴之后，又分別明確規(guī)定了公安機關(guān)的要求復議、復核權(quán)，被害人的申訴、自訴權(quán)和被不起訴人的申訴權(quán)，以充分保障各訴訟參與人的司法救濟權(quán)利。

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