根據(jù)國(guó)務(wù)院辦公廳國(guó)辦發(fā)（1994）49號(hào)文件審定印發(fā)的衛(wèi)生部“三定”方案，衛(wèi)生部行政編制為404人。

　　經(jīng)黨組會(huì)研究決定，部機(jī)關(guān)行政編制分配如下：部領(lǐng)導(dǎo)6人，辦公廳59人，政策法規(guī)司18人，人事司28人，計(jì)劃財(cái)務(wù)司30人，醫(yī)政司28人，疾病控制司29人，地方病防治辦公室18人，衛(wèi)生監(jiān)督司28人，科技教育司39人，婦幼衛(wèi)生司19人，藥政管理局30人，國(guó)際合作司26人，保健局14人，全國(guó)愛國(guó)衛(wèi)生運(yùn)動(dòng)委員會(huì)辦公室21人，機(jī)關(guān)黨委11人，共計(jì)404人。

　　辦公廳內(nèi)設(shè)：辦公室、秘書處、檔案處、信訪處、財(cái)務(wù)處、行政處、房管處、保衛(wèi)處。

　　政策法規(guī)司內(nèi)設(shè)：綜合處、政策研究處、法規(guī)處、新聞出版處。

　　人事司內(nèi)設(shè)：綜合處、黨政干部處、公務(wù)員管理處、專業(yè)人才管理處、勞動(dòng)工資處。

　　計(jì)劃財(cái)務(wù)司內(nèi)設(shè)：綜合處、計(jì)劃處、直屬財(cái)務(wù)處、基建處、裝備管理處、國(guó)有資產(chǎn)管理處。

　　醫(yī)政司內(nèi)設(shè)：綜合處、醫(yī)療管理處、基層衛(wèi)生處（衛(wèi)生部初級(jí)衛(wèi)生保健辦公室）、特殊人群醫(yī)療康復(fù)處、護(hù)理處。

　　疾病控制司內(nèi)設(shè)：綜合計(jì)劃處、計(jì)劃免疫處、非傳染性疾病控制處、防疫一處、防疫二處、防疫三處。

　　地方病防治辦公室內(nèi)設(shè)：綜合處、地方病一處、地方病二處。

　　衛(wèi)生監(jiān)督司內(nèi)設(shè)：綜合處、傳染病法規(guī)監(jiān)督處、食品衛(wèi)生監(jiān)督處、勞動(dòng)與放射衛(wèi)生監(jiān)督處、執(zhí)法監(jiān)督管理處。

　　科技教育司內(nèi)設(shè)：綜合處、衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)管理辦公室、科技計(jì)劃處、科技成果處、科技交流處、高等教育處（衛(wèi)生部學(xué)位辦公室）、中等教育處、成人教育處。

　　婦幼衛(wèi)生司內(nèi)設(shè)：綜合處、婦女衛(wèi)生處、兒童衛(wèi)生處、規(guī)劃管理處。

　　藥政管理局內(nèi)設(shè)：綜合監(jiān)督管理處、標(biāo)準(zhǔn)注冊(cè)管理處、特殊藥品管理處、中藥管理處、生物制品管理處、醫(yī)用器材管理處。

　　國(guó)際合作司內(nèi)設(shè)：綜合處、國(guó)際處、雙邊關(guān)系處、衛(wèi)生部港澳臺(tái)辦公室。

　　保健局內(nèi)設(shè)：辦公室、醫(yī)療處、保健處。

　　全國(guó)愛國(guó)衛(wèi)生運(yùn)動(dòng)委員會(huì)辦公室內(nèi)設(shè)：綜合協(xié)調(diào)處、監(jiān)督檢查處、農(nóng)村改水與環(huán)境衛(wèi)生指導(dǎo)處、健康教育處。

　　機(jī)關(guān)黨委內(nèi)設(shè)：辦公室（含共青團(tuán)、工會(huì)）、組織部、宣傳部、紀(jì)委。

　　另外，駐部紀(jì)檢組、監(jiān)察局行政編制14名，內(nèi)設(shè)：紀(jì)檢監(jiān)察綜合室、紀(jì)檢監(jiān)察一室、紀(jì)檢監(jiān)察二室。

　　審計(jì)署駐部審計(jì)局行政編制10名，內(nèi)設(shè)：審計(jì)一處、審計(jì)二處。

　　離退休干部局單列行政編制23名，內(nèi)設(shè)：辦公室、綜合指導(dǎo)處、生活管理處。