如果行政機關(guān)不履行行政協(xié)議造成損失，行政相對人是可以向人民法院提起行政訴訟的，人民法院需要根據(jù)行政相對人的損失確定賠償數(shù)額。

法院在審理行政協(xié)議案件中，在實體法方面，應(yīng)當(dāng)優(yōu)先適用有關(guān)行政法律、法規(guī)或者規(guī)章的特別規(guī)定，沒有特別規(guī)定的，適用合同法。優(yōu)先適用行政法律法規(guī)在于審查行政機關(guān)的行政行為是否合法。例如，法院在審查征收補償協(xié)議過程中，要審查該協(xié)議的簽訂是否符合公共利益和行政程序的要求，是否對當(dāng)事人給予了適當(dāng)補償?shù)鹊??？紤]到行政協(xié)議兼具行政性和合同性兩方面，在審查行政協(xié)議過程中還應(yīng)當(dāng)適當(dāng)援引民事法律規(guī)范，如《合同法》中規(guī)定的違約責(zé)任、當(dāng)事人的行為能力等。同時，在程序上也可以從民事訴訟程序中有所借鑒，比如說允許調(diào)解、適用“誰主張、誰舉證”規(guī)則等。行政機關(guān)不履行行政協(xié)議造成損失的解決途徑。

第一、上一級行政機關(guān)的行政救濟。行政合同作為一種行政行為，應(yīng)受行政法所調(diào)整，對于行政合同糾紛，故救濟途徑不可能排除行政救濟即行政復(fù)議。我國行政復(fù)議法第2條規(guī)定：“公民、法人或者其他組織認(rèn)為具體行政行為侵犯其合法權(quán)益，向行政機關(guān)提出行政復(fù)議申請，行政機關(guān)受理行政復(fù)議申請，作出行政復(fù)議決定，適用本法?！钡?條對行政復(fù)議范圍作了明確的規(guī)定，其中第五款“認(rèn)為行政機關(guān)侵犯合法的經(jīng)營自主經(jīng)營權(quán)的”，第六款“認(rèn)為行政機關(guān)變更或者廢止農(nóng)業(yè)承包合同，侵犯其合法權(quán)益的”，是將納入行政復(fù)議范圍的行政合同具體化了。所以相對人也可以通過行政復(fù)議來解決發(fā)生的行政合同糾紛。

第二、提交法院的司法救濟。行政主體在行政合同中處于優(yōu)越的地位，而行政管理的相對人就成了弱勢群體。所以司法救濟是保護他們合法權(quán)益的最有效也是最后的途徑。目前，行政合同糾紛在司法審判中，在審理程序法上適用民事訴訟程序，在實體判決上適用民事法律規(guī)范和行政法律規(guī)范的法律適用模式。在具體操作中，往往根據(jù)原告的訴訟請求，來適用民事或行政訴訟程序。

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