《醫(yī)療事故處理條例》是國務院制定的行政法規(guī)，但是《醫(yī)療事故處理條例》并不能當然成為審理醫(yī)療賠償糾紛的法律依據(jù)。根據(jù)立法法第八條第七項和第九條規(guī)定:“民事基本制度只能制定法律;本法第八條規(guī)定的事項尚未制定法律的，全國人民代表大會及其常務委員會有權作出決定，授權國務院可以根據(jù)實際需要，對其中的部分事項先制定行政法規(guī)……”由于醫(yī)療損害民事賠償制度屬于民事基本制度，所以只能由法律才能對醫(yī)療損害民事賠償制度作出規(guī)定，而行政法規(guī)無權制定醫(yī)療損害民事賠償制度，《醫(yī)療事故處理條例》將醫(yī)療損害賠償納入行政管理范圍，超越了行政權范圍;《醫(yī)療事故處理條例》對醫(yī)療事故賠償范圍和賠償標準的規(guī)定，只有在得到了人大的特別授權或者在法律作出明確規(guī)定(如規(guī)定“行政法規(guī)對醫(yī)療事故賠償作出規(guī)定的，適用行政法規(guī)”)的情況下，才能成為法院審理醫(yī)療損害賠償案件的依據(jù)。但現(xiàn)行《醫(yī)療事故處理條例》顯然不具備上述條件，不能成為審理醫(yī)療損害賠償案件的依據(jù)。

實際上，《醫(yī)療事故處理條例》中醫(yī)療行政機關保護自身利益的痕跡非常明顯，體現(xiàn)在:醫(yī)療事故等級標準過高，醫(yī)療事故賠償標準過低，非醫(yī)療事故造成的損害不予賠償?shù)?。《醫(yī)療事故處理條例》的實施使得處于弱勢的患者無法完善地保護自身利益，為此最高人民法院于2003年下發(fā)了《關于參照醫(yī)療事故處理條例審理醫(yī)療糾紛民事案件的通知》(以下簡稱《通知》)，規(guī)定醫(yī)療事故引起的醫(yī)療賠償糾紛，參照《醫(yī)療事故處理條例》有關規(guī)定辦理;醫(yī)療事故以外原因引起的其他醫(yī)療賠償糾紛，適用《民法通則》的規(guī)定。然而，由于司法解釋無權糾正行政法規(guī)中存在的缺陷，使得《醫(yī)療事故處理條例》中的不合理之處僅得到了部分否定。依照《通知》規(guī)定，構成醫(yī)療事故的適用《醫(yī)療事故處理條例》，結果是損害嚴重的賠償金額低;不構成醫(yī)療事故的適用《民法通則》，結果是損害較輕的賠償金額反而更高。所以，實踐中為更好保護處于弱勢群體的患者利益，對構成醫(yī)療事故的損害賠償標準出現(xiàn)了既適用《醫(yī)療事故處理條例》又不得不突破《醫(yī)療事故處理條例》的尷尬與無奈。如《北京市高級人民法院關于審理醫(yī)療損害賠償糾紛案件若干問題的意見(試行)》第二十一條規(guī)定:“確定醫(yī)療事故損害賠償標準，應當參照《醫(yī)療事故處理條例》第四十九條至第五十二條規(guī)定;如參照《醫(yī)療事故處理條例》處理將使患者所受損失無法得到基本補償?shù)?，可以適用《民法通則》及相關司法解釋的規(guī)定適當提高賠償數(shù)額?！?/p>