菲律賓保障監(jiān)督的主管當(dāng)局是貿(mào)易和工業(yè)部秘書處；涉及農(nóng)產(chǎn)品保障措施的主管部門是農(nóng)業(yè)部秘書處（上述組織稱為秘書處）。作為保障措施的主管部門，秘書處不僅負(fù)責(zé)保障措施的工作，還承擔(dān)保障措施的咨詢、指導(dǎo)和技術(shù)支持工作。此外，菲律賓海關(guān)委員會(huì)對(duì)保障措施的執(zhí)行情況進(jìn)行了正式調(diào)查。根據(jù)《菲律賓保障監(jiān)督法》及其實(shí)施細(xì)則，菲律賓保障監(jiān)督調(diào)查的分工和程序主要包括幾個(gè)方面，包括啟動(dòng)一般保障監(jiān)督、初裁和臨時(shí)保障監(jiān)督、正式調(diào)查和產(chǎn)業(yè)損害認(rèn)定，最終措施確定和最終保障措施

在菲律賓，啟動(dòng)一般保障措施有幾種方式：（1）根據(jù)申請(qǐng)人的申請(qǐng)；（2） 應(yīng)總統(tǒng)要求發(fā)起；（3） 由上議院或下議院農(nóng)業(yè)委員會(huì)或貿(mào)易和商業(yè)委員會(huì)的決議發(fā)起；（4） 如果沒有申請(qǐng)，但有證據(jù)表明進(jìn)口產(chǎn)品構(gòu)成對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成嚴(yán)重?fù)p害或嚴(yán)重?fù)p害威脅的真正原因，秘書處也可以自行發(fā)起保障措施調(diào)查

菲律賓境內(nèi)任何可以代表國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)的自然人或法人都可以向秘書處提交保障措施調(diào)查的書面申請(qǐng)，請(qǐng)求采取措施，彌補(bǔ)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)因進(jìn)口增加而遭受的嚴(yán)重?fù)p害或防止嚴(yán)重?fù)p害的威脅。申請(qǐng)人在提交書面申請(qǐng)時(shí)，還應(yīng)當(dāng)提交國(guó)內(nèi)同類或者直接競(jìng)爭(zhēng)產(chǎn)品進(jìn)口數(shù)量增加、對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成嚴(yán)重?fù)p害的情況或者威脅、產(chǎn)品進(jìn)口數(shù)量增加、對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成損害之間因果關(guān)系的證明。如果申請(qǐng)人在申請(qǐng)保障措施調(diào)查時(shí)尋求臨時(shí)保障措施，申請(qǐng)人應(yīng)說明實(shí)施臨時(shí)保障措施的緊急情況及其相關(guān)信息，包括：要求實(shí)施臨時(shí)保障措施的聲明、未來60天內(nèi)繼續(xù)進(jìn)口對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)的影響，請(qǐng)求采取臨時(shí)保障措施的措施的形式和內(nèi)容，包括請(qǐng)求增加關(guān)稅的類型和范圍。保障措施的書面申請(qǐng)應(yīng)在貿(mào)易和工業(yè)部秘書處登記，涉及農(nóng)產(chǎn)品的書面申請(qǐng)應(yīng)在農(nóng)業(yè)部秘書處登記