1、將會在實(shí)質(zhì)上限制公民的訴訟權(quán)利。在客觀上縮小行政訴訟的范圍。以治安行政案件為例：被處罰人和被侵害人對治安處罰不服均可以向人民法院提起行政訴訟，被處罰人一般訴請有：要求法院撤銷處罰決定;要求法院減輕處罰;要求法院減少賠償金額。被侵害人的一般訴請則是：要求法院追究加害人的行政責(zé)任;要求法院加重加害人的處罰;要求法院增加賠償金額。如果人民法院不行使司法變更權(quán)，法官在處理行政案件中就只能判決六項(xiàng)中的兩項(xiàng)，即當(dāng)事人要求撤銷處罰決定的申請和要求撤銷賠償裁決的申請。這不僅在實(shí)質(zhì)上縮小了司法監(jiān)督的范圍，而且也限制了公民的訴訟權(quán)利。如果法官敢于大膽行使司法變更權(quán)，直接判決變更行政機(jī)關(guān)的處罰決定，既可以充分的保護(hù)當(dāng)事人的合法權(quán)益，也不會造成訴累。

2、有一部分行政訴訟會徒有虛名。當(dāng)事人起訴到人民法院的行政案件，有些行政案件，當(dāng)事人要求減輕處罰或減少賠償金額，但案件受理后行政機(jī)關(guān)的處罰決定絕少“違法”的。因?yàn)榉苫蚍ㄒ?guī)所確定的處罰幅度較寬。這樣，即使行政處罰決定顯失公平，法院撤銷也于法無據(jù)，只能維持了事。如果法官敢于大膽行使司法變更權(quán)，則可以拓展行政案件的受案范圍。

3、降低行政機(jī)關(guān)的工作效率。行政機(jī)關(guān)處罰決定，有的處罰方式明顯不適當(dāng);有的適用法律不當(dāng);有的忽視從輕、從重情節(jié);有的處罰時(shí)輕時(shí)重等等。人民法院在審理行政案件過程中，已掌握了該行政案件的基本事實(shí)，以及所依據(jù)的法律、法規(guī)等，具備了改變錯誤的行政裁決的條件。如果法院直接變更行政機(jī)關(guān)的行政決定，行政爭議即可得到及時(shí)解決。相反，如果法院撤銷行政機(jī)關(guān)的行政決定，發(fā)回行政機(jī)關(guān)，可以出現(xiàn)解決同一行政案件人為的分成數(shù)次解決，反復(fù)多次，增加當(dāng)事人訴訟成本。

4、會使公民的合法權(quán)益得不到保障。用撤銷重新作出具體行政行為的方式來糾正行政機(jī)關(guān)的錯誤裁決是建立在兩個(gè)假定的基礎(chǔ)上。一是法院能夠在沒有任何干擾的情況下作出撤銷決定。二是行政機(jī)關(guān)能依照法院判決及時(shí)重新作出裁決。實(shí)踐證明，法院要撤銷一個(gè)行政決定，會遇到很多阻力和干預(yù)。有時(shí)法院只作撤銷行政機(jī)關(guān)的行政決定的判決，而沒有判決行政機(jī)關(guān)限期作出具體行政行為，會使下一個(gè)行政決定，一拖再拖，甚至不了了之。