鑒定機構(gòu)不是只能由法院指定。根據(jù)法律規(guī)定，當(dāng)事人申請鑒定經(jīng)法院同意后的，可以由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定鑒定機構(gòu)，如果協(xié)商不成的，再由法院指定。

相關(guān)法律可參考：

《民事訴訟證據(jù)規(guī)定》第二十六條當(dāng)事人申請鑒定經(jīng)人民法院同意后，由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定有鑒定資格的鑒定機構(gòu)、鑒定人員，協(xié)商不成的，由人民法院指定。

(一)鑒定機構(gòu)和鑒定人員的確定方式

當(dāng)事人可以就查明事實的專門性問題向人民法院申請鑒定。當(dāng)事人申請鑒定的，由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定具備資格的鑒定人;協(xié)商不成的，由人民法院指定。

當(dāng)事人未申請鑒定，人民法院對專門性問題認(rèn)為需要鑒定的，應(yīng)當(dāng)委托具備資格的鑒定人進(jìn)行鑒定。

(二)申請重新鑒定的法定情形

當(dāng)事人對人民法院委托的鑒定部門作出的鑒定結(jié)論有異議申請重新鑒定，提出證據(jù)證明存在下列情形之一的，人民法院應(yīng)予準(zhǔn)許：第一，鑒定機構(gòu)或者鑒定人員不具備相關(guān)的鑒定資格的;第二，鑒定程序嚴(yán)重違法的;第三，鑒定結(jié)論明顯依據(jù)不足的;第四，經(jīng)過質(zhì)證認(rèn)定不能作為證據(jù)使用的其他情形。對有缺陷的鑒定結(jié)論，可以通過補充鑒定、重新質(zhì)證或者補充質(zhì)證等方法解決，不予重新鑒定。

(三)自行鑒定的效力

一方當(dāng)事人自行委托有關(guān)部門作出的鑒定結(jié)論，另一方當(dāng)事人有證據(jù)足以反駁并申請重新鑒定的，人民法院應(yīng)予準(zhǔn)許。

(四)鑒定人的出庭義務(wù)

當(dāng)事人對鑒定意見有異議或者人民法院認(rèn)為鑒定人有必要出庭的，鑒定人應(yīng)當(dāng)出庭作證。經(jīng)人民法院通知，鑒定人拒不出庭作證的，鑒定意見不得作為認(rèn)定事實的根據(jù);支付鑒定費用的當(dāng)事人可以要求返還鑒定費用。

(五)專家輔助人

當(dāng)事人可以申請人民法院通知有專門知識的人出庭，就鑒定人作出的鑒定意見或者專業(yè)問題提出意見。

鑒定機構(gòu)不是只能由法院指定。根據(jù)法律規(guī)定，當(dāng)事人申請鑒定經(jīng)法院同意后的，可以由雙方當(dāng)事人協(xié)商確定鑒定機構(gòu)，如果協(xié)商不成的，再由法院指定。如果你情況比較復(fù)雜，律霸網(wǎng)也提供律師在線咨詢服務(wù)，歡迎您進(jìn)行法律咨詢。